戦国時代。巫女桔梗に封印された半妖の少年犬夜叉は、現代からタイムスリップしてきたかごめの手で甦った！
妖怪を強くする『四魂の玉』が体の中から出てきて驚くかごめ。犬夜叉は四魂の玉を飲み込んだ百足上�揩�一撃で粉砕する。

かごめは楓の死んだ姉、桔梗の生まれ変わりらしい。四魂の玉を狙う屍舞烏はかごめをさらうが、犬夜叉が助けに現れた。かごめが屍舞烏を退治した時、四魂の玉が粉々に砕け散ってしまった。

四魂の玉を見極める目を持つかごめ。妖怪を倒す力を持つ犬夜叉。ふたりで四散した四魂の玉の欠片を集める羽目に。だが、仲違い。かごめは『骨喰いの井戸』から現代へ戻る。四魂の玉を狙う結羅は村人を操って犬夜叉を襲撃。逃れた犬夜叉は、かごめを追う。

現代に戻り実家でくつろぐかごめ。追って来た犬夜叉の体に結羅の髪が。かごめは犬夜叉と共に戦国時代に戻り、逆髪の結羅を退治する。

かごめ、犬夜叉が人間の母と化け犬の父の間に生まれた半妖だと知る。犬夜叉の腹違いの兄・殺生丸登場。父墓のありかを探るため、犬夜叉の死んだ母を連れてくる。が、母の正体は妖怪・無女。犬夜叉は取り込まれかける。

犬夜叉は無女に父墓のありかを暴かれる。犬夜叉の右目（黒真珠）を抜き、墓の入口を開く殺生丸。かごめは殺生丸の非道さに腹を立て、犬夜叉と共に殺生丸を追う。墓の中には父の形見『妖刀・鉄砕牙』が。しかし抜けたのはかごめ。

かごめが鉄砕牙を抜いた。殺そうとする殺生丸。怒った犬夜叉はかごめを守って闘う。守る心は、鉄砕牙を真の姿『牙の剣』に変化させ、妖犬の本性を現した殺生丸は犬夜叉に腕を斬られ撤退した。

甲斐の国の若侍・信長は、ドジだが一途な青年。幼なじみの姫君が嫁いだ先の悪い噂を聞きつけ、姫を連れ戻しに来た。取り憑いた蝦蟇妖怪から城主を救おうとがんばる信長。かごめの機転で城主から追い出された蝦蟇妖怪を犬夜叉が一刀で退治する。

七宝は、雷獣兄弟・飛天満天に父を殺された子狐の妖怪。仇討ちのため、四魂のかけらをかごめから盗んでしまうが、かけらにおびき出された満天は、毛生え薬にしようとかごめをさらってしまう。

かごめ救出に向かった犬夜叉は、弟の満天を倒す。満天が持っていた四魂のかけらを喰い、体内に取り入れた飛天は、雷撃刃と雷撃波で犬夜叉を攻撃。鉄砕牙の鞘で防ぐ犬夜叉は窮地に。が、鞘が折れると見えたその時、鞘が刀を呼ぶ。鉄砕牙を押し込んだ犬夜叉は飛天に勝つ。

かごめがテストで現代に帰省中、日暮神社で預かっていた能面「肉づきの面」が、四魂のかけらを求めて暴れ出した。かごめの弟、草太、懸命になって犬夜叉を呼ぶ。戦国時代から現代に来る犬夜叉、一刀で能面を倒す。

かごめ、子供の霊を慰める妖怪タタリモッケを目撃。悪霊になりかけた少女・真由の魂の成仏を助ける。真由と母の和解。

半妖・犬夜叉の秘密は、月に一度人間に戻ること。その日、なずなと知り合い山寺に泊まった犬夜叉たちは、蜘蛛頭の罠にはまり四魂のかけらを奪われる。毒を注がれ生死の境の彷徨う犬夜叉、かごめと心を通わせる。翌朝、犬夜叉の妖力が戻り、蜘蛛頭は退治された。

５０年前、犬夜叉を封印した巫女・桔梗の墓を暴いた鬼女裏陶は、霊骨と墓土で、桔梗の肉体を再生した。だが、魂は既に他の肉体に転生していた。かごめを見つけた裏陶は、桔梗の魂を取り戻すため、かごめをさらう。

かごめの魂が流れ込み、復活した桔梗は、犬夜叉を殺そうとするが、それに反応したかごめに魂を奪い返される。桔梗は、怨念を抱えたまま谷底に落ちていった。
５０年前、四魂の玉で人間になれと犬夜叉に勧めた桔梗だが、約束の日の当日、犬夜叉の姿をした何者かに致命傷を受け、誤解したまま、犬夜叉を封印したという。ふたりを闘わせた者の謎を自覚する犬夜叉。

女好きの不良法師、弥勒の初登場。
四魂のかけらを集めていた弥勒は、かごめのかけらを盗み取る。追跡する犬夜叉。かけらを返せと弥勒と対決。弥勒、法力・風穴で対抗する。犬夜叉、危うしと思われたとき、かごめ、機転で弥勒の風穴を閉じさせることに成功する。
弥勒の仇、妖怪・奈落の話を聞く犬夜叉達。実は桔梗の仇もその奈落だったと判る。

絵師・紅達は四魂のかけらの入った墨で描いた鬼軍団を操って立身出世を夢見た。紅達が懸想する姫に関わった弥勒と犬夜叉たちは、紅達の家に向かうが、絵から出現した鬼を吸い込んだ弥勒は、凄まじい邪気でやられてしまう。往生際の悪い紅達を殺さず、墨を倒そうとする犬夜叉 だが、紅達は邪念に狂い墨に喰われて果てる。

殺生丸の前に奈落が現れた。四魂のかけらを仕込んだ人間の腕を貸す奈落。その腕をつけた殺生丸は、犬夜叉たちの前に現れて鉄砕牙を奪い取る。鉄砕牙の真の力で、百匹の妖怪をひと振りでなぎ倒す殺生丸。弥勒の風穴も毒虫で封じられ、ピンチの犬夜叉。そこに破魔矢を射るかごめ。その矢は鉄砕牙の変化を解いた。

殺生丸の鉄砕牙に、鞘で対抗する犬夜叉。相打ちで懐に飛び込んで腕をもぎ取り、殺生丸から鉄砕牙を奪い返す。鉄砕牙が使えぬと見るやあっさり退散する殺生丸。だが、奈落の策略だと知った犬夜叉は、かごめの死を恐れて、かごめが持っていた四魂のかけらを取り上げ、現代に帰してしまう。

四魂のかけらを取られ現代に戻ったかごめは、戦国時代に行けなくなる。怒ったかごめは、北条君とのデートをＯＫ。その頃、奈落の謎を探る犬夜叉達。奈落と桔梗の関わりは、５０年前に死んだ野盗・鬼蜘蛛が鍵らしいが、手がかりはそこで途切れてしまう。一方そんな犬夜叉達を、奈落に操られた狼野干が襲撃してきた。

北条君とのデートも途中で神社に戻るかごめ、戦国時代に帰還。強くなる犬夜叉、狼野干を倒す。 一同を監視していた奈落が姿を現す。 奈落の正体は、やはり鬼蜘蛛、５０年前に桔梗と犬夜叉を罠にかけたと明かす。 生きていた桔梗、成仏させようとした僧侶を殺害。 弟子から聞いた犬夜叉、桔梗の元へ走る。 追うかごめ、結界の中で、桔梗と再会。

かごめを金縛りにした桔梗の前に、犬夜叉が現れた。
娘の死魂を集め、怨念を吐き出す桔梗に、犬夜叉は一日も忘れたことがなかったと打ち明ける。犬夜叉に口づけた桔梗は、そのまま犬夜叉を地獄に引きずり込もうとする。だが、かごめの声が届いて、犬夜叉を正気に返した。
その場を去った桔梗は楓を訪ね、奈落と鬼蜘蛛の因縁を知るが、怨念を消すことはなかった。

妖怪退治屋の珊瑚は、父のお頭、弟の琥珀達と人見城に招かれた。だが、それは罠。琥珀が敵に操られ、父や仲間、珊瑚を殺害してしまう。
一方、手練れの居ない退治屋の里は、妖怪の大襲撃を受け全滅。集められていた四魂のかけらは奈落が持ち去った。奇跡的に息を吹き返した珊瑚は、奈落によって里を襲った仇が犬夜叉だと聞かされ、深手を押して敵討ちに向かう。

犬夜叉を仇と信じて戦う珊瑚。四魂のかけらの力で死ぬまで闘わせようとする奈落の謀略だ。だが、かごめの話を聞き、珊瑚は疑いを解く。
そして、奈落を追い詰める犬夜叉たち。だが、その奈落は傀儡だった。悔しがる一同。
傀儡が倒されたことを知っても動じない奈落は、人見城の若殿の身分も手に入れ、さらに野望を巡らせる。

『四魂の玉』誕生秘話。強い霊力を持っていた古の巫女・翠子は、融合した妖怪達との死闘の末、妖怪の魂を自分の魂に取り込んで打ち出して亡くなったという。その魂の塊が四魂の玉。年月の末、穢れて里に戻り、里から桔梗に預けられて浄化されていたが、玉が持つ因縁は桔梗を死に至らしめていた。その因縁を断ち切ると意気込む犬夜叉。その夜、冥加の好奇心でミイラ妖怪が復活。退治する犬夜叉だが、冥加はその姿に翠子を見た。

名主の子、太郎丸と知り合った犬夜叉達は、子供を生贄にする水神の社に乗り込むが、神器を持つ水神の神通力に翻弄されてしまう。 だが、弥勒が本物の水神（女神様）を見つけ出した。
ニセ水神は蛇の化身。神器を取り戻す太郎丸の活躍や、本物の女神様の助けもあり、犬夜叉達は、無事、ニセ水神を退治する。

妖怪に風穴を傷つけられた弥勒は、手当を頼むため育ての親、夢心を訪ねる。
だが、夢心は蠱壺虫に操られて弥勒を襲った。麻酔で麻痺した弥勒を、妖怪達が取り囲む。結界で防ぐが、次第に弱っていく弥勒。
そこへ駆けつけた犬夜叉は、初めて鉄砕牙の真の力を引き出し、百匹の妖怪を粉砕する。しかし、風穴は戦いの中で更に広がり弥勒の寿命を縮めていた。蠱壺虫から解放された夢心は、一刻も早く奈落を倒せと犬夜叉に告げる。

死んだはずの珊瑚の弟・琥珀が生きていた。奈落は、琥珀の背に仕込んだ四魂のかけらが琥珀の命を繋いでいると明かし、琥珀の命を盾に、鉄砕牙を奪ってこいと珊瑚を脅す。
犬夜叉達に真実を話せない珊瑚は、その夜、眠る犬夜叉の抱えた鉄砕牙を見つめる。

鉄砕牙を奪った珊瑚は奈落の城へ導かれた。その機に乗じ奈落を討とうとする珊瑚。だが、琥珀の攻撃で重傷を負ってしまう。
追ってきた犬夜叉達は、瘴気で絶体絶命の危機に。だが、奈落の持つ四魂のかけらの気配を感じたかごめは、破魔の矢でその体を粉砕。琥珀と共に奈落は去る。
仲間を裏切った呵責にひとり去ろうとする珊瑚を仲間達は引き留める。その優しさは珊瑚の心の痛みを癒す。

奈落の毒で弱った雲母のため、犬夜叉とかごめは毒消しの薬草捜しに出かけた。
薬草の畑を守る妖怪・地念児は、実は半妖。人間のおっかあと２人暮らし。巨体のわりには弱虫のため、村人にいじめられていた。
その村に人喰い妖怪が出現。勇気をふるって闘う地念児は、怪力でみごと妖怪を退治。地念児のやさしさに村人達も心を開く。同じ半妖の犬夜叉は、自分の過去を思い起こしてかごめに語る。

犬夜叉と弥勒が踏み込んだ洞穴。その穴には、何百という妖怪が死闘の末、全て勝者に吸収される『巫蠱の術』が施されていた。犬夜叉はかごめを守るために合体妖怪と闘うが、相手を倒せば犬夜叉も合体してしまう。穴の邪気に引かれて現れた桔梗は、破魔の矢で術の結界を解き放つ。
合体妖怪と共に外へ吸い出される犬夜叉たち。その先には奈落がいた。合体妖怪を取り込み、かごめに砕かれた体を再生した奈落は桔梗を連れ去る。

桔梗救出に向かった犬夜叉達を襲う妖術・幻影殺。
術が効かないかごめは、桔梗によって四魂のかけらを奪われ、殺されかける。
かごめを思い出して術を破った犬夜叉が助けに来るが、かけらを持って去った桔梗は、そのまま奈落の城に乗り込み、奪ったかけらを奈落に預けてしまう。
奈落が『半妖』であると見破った桔梗は、完璧な四魂の玉を手にした時、奈落を地獄に送るつもりでいた。

戦う刀を欲する殺生丸は癒しの刀『天生牙』に満足せず新たな刀を刀々斎に要求。逃げ出した刀々斎は、犬夜叉が一度だけ鉄砕牙で百匹の妖怪をなぎ倒したと冥加に聞き、追ってくる殺生丸の相手を犬夜叉にさせる。
竜の腕で隻腕を補った殺生丸は、『刀の真の威力を引き出す正しき軌道、鉄砕牙の奥義』＝『風の傷』を悟っていた。驚く刀々斎。『風の傷』もつかめない犬夜叉は、闘いで圧倒的な不利に追い込まれる。

殺生丸の爪の毒で目を塞がれた犬夜叉は、『風の傷』を読み、刀の真の力を引き出して殺生丸を退ける。犬夜叉を使い手と認めた刀々斎は、去っていった。
人間の少女・りんは、激しく傷ついた殺生丸を見つけ救おうとする。心動かされた殺生丸は、人喰い狼に襲われ命を落としたりんを天生牙の力で蘇生。 一方、犬夜叉一行は、村を襲った狼を倒す。そこへ、つむじ風を伴って一人の男が現れた。新たな敵を前に緊迫する犬夜叉達。

手下狼を殺された妖狼族の若頭、鋼牙は、犬夜叉と互角の闘いを繰り広げる。結局、危険を察知しあっさり逃げた鋼牙だが、かごめの霊力に興味を持って戻ってきた。鋼牙がさらったかごめには七宝がくっついていく。
かごめを捜す犬夜叉達は、途中で妖鳥に襲撃された。その妖鳥こそ、妖狼族の天敵・極楽鳥。極楽鳥が持つ四魂のかけらを狙う鋼牙に協力を約束したかごめは、助けが来るのを待ちつつ逃げ出すチャンスを窺う。

鋼牙たち妖狼族が、極楽鳥の襲撃を開始した。かごめは、極楽鳥親玉兄弟の口の中にある四魂のかけらを察知して鋼牙に教える。
そこへ駆けつけた犬夜叉は、極楽鳥の兄を倒し、かごめの無事を確認するが、かごめに惚れたという鋼牙とケンカを始めてしまう。しかし、極楽鳥の弟が反撃、鋼牙の腕のかけらを奪ってしまった。犬夜叉は『風の傷』で極楽鳥の弟を退治。鋼牙も倒そうとするが、かごめが庇い逃がしてしまう。

鋼牙との仲を疑う犬夜叉に腹を立て現代に戻ったかごめが久しぶりに登校した。 友人達は二股男（犬夜叉）とつき合っているかごめを心配し、かごめに好意を寄せる北条くんのアプローチを応援する。
一方、現代に足を運びながらかごめを連れ帰らない犬夜叉に呆れた七宝は、楓に相談しようと連行。楓は謝罪を勧める。 犬夜叉が様子を見に来ていたと草太から聞いたかごめは戦国時代に帰還。犬夜叉は壊した時計にかこつけて謝った。

妖狼族を四魂のかけらの噂でおびき出し、殺した風使いの妖怪・神楽は、誘い出した犬夜叉一行を屍となった妖狼族で襲撃する。
応戦する犬夜叉だが、そこに現れた鋼牙は、犬夜叉が仲間を殺したと信じ、闘いを挑んだ。鋼牙の腕には新たな四魂のかけらが埋め込まれていた。奈落が用意した偽のかけらだが、威力を増した鋼牙の鉄拳は、鉄砕牙を弾き飛ばして犬夜叉を追い詰める。

死闘の末、犬夜叉を追い詰めた鋼牙だったが、腕に入れた毒のかけらで激しく衰弱。そこに現れた神楽は、戦いの場の風を支配して、立ち上がってきた犬夜叉を翻弄する。
しかし、かごめが放った矢が神楽の妖気を切って浄化。切れた妖気がぶつかる所に『風の傷』が生まれた。その『傷』を犬夜叉が斬る。剣圧は神楽を襲うが、右手が折れていたため威力は半減。傷を負った神楽は逃げ、その背には奈落と同じ蜘蛛の痣があった。

かつて口説いた娘、小春と再会した弥勒は、小春をある村に預けることにする。
その村に神楽の姉の妖怪、神無が現れた。 魂を吸い取る鏡で、小春の魂を奪ってしまう神無。同じく魂を取られた村人は、操られて犬夜叉一行を襲撃。先導する最猛勝に、奈落の罠と悟る犬夜叉達だが、村人を殺せず窮地に陥る。

かごめの魂が大きいのか、吸収に失敗した神無の鏡だったが、犬夜叉が放った鉄砕牙の極意『風の傷』は、見事にはね返す。爆風の返り討ちで傷つく犬夜叉。そこに現れた奈落は、神楽と神無が奈落から生まれた妖怪であることと、桔梗がかごめから奪った四魂のかけらを手渡したことを明かす。
かごめは、奈落に向かって破魔の矢を放つが、その矢は神無の鏡に飲み込まれた。途端に鏡からあふれ出す魂。村人とかごめに魂が戻る。

かごめから奪った四魂のかけらを奈落に渡した桔梗が犬夜叉の前に現れた。桔梗を庇う犬夜叉に、かごめは腹を立ててしまう。
奈落が生み出した三番目の分身、悟心鬼が犬夜叉達への刺客として差し向けられた。
心を読む悟心鬼に闘いの先回りをされ、苦境に立つ犬夜叉達。

刀々斎は、犬夜叉の牙を使い折れた鉄砕牙を修理を請ける。
天生牙で甦った牙で宝剣『闘鬼神』を完成させた灰刃坊は、剣に宿る怨念に操られ、犬夜叉を襲撃する。朔の日で人間に戻った犬夜叉を庇い、剣の使い手を倒そうとする弥勒。だが、剣が操る灰刃坊は絶命しない。そこへ、刀々斎が到着。朔の夜も明け、妖力を回復した犬夜叉は、刀々斎が直した鉄砕牙で闘おうとする。が、鉄砕牙はとてつもなく重い刀になっていた。

犬夜叉に挑みかかった灰刃坊は、結局、鉄砕牙の剣圧の前に消し飛んで果てた。残ったのは邪気を放ち触る事も出来ない闘鬼神のみ。
そこへ、真の持ち主である殺生丸が現れる。

奈落の新たな分身・獣郎丸と影郎丸が、犬夜叉達に襲いかかってきた。
かごめの危機に舞い戻った鋼牙は、犬夜叉と悪口を言いながら、２体の妖怪と闘うが、土に潜る影郎丸に苦戦。珊瑚は毒薬を使い、影郎丸の動きを封じる。

鋼牙の一件で、犬夜叉と喧嘩したかごめは、現代に帰還。
その頃、奈落は桔梗を慕う鬼蜘蛛の心を消し去るため、桔梗を始末しようと巨大死魂虫を差し向けた。体を動かすのに必要な死魂を抜かれた桔梗は、辛くも逃げ延び、かつて犬夜叉を封印した御神木と骨喰いの井戸まで辿り着く。

現代に帰ったかごめは、桔梗を選んだ犬夜叉の気持ちを察し、もう戻れないと悩む。だが、手元に四魂のかけらが残っていた。それを返し、おしまいにしようと決めたかごめだが、現代の御神木の前で、犬夜叉との初めての出会いを思い出す。

崩壊した奈落城跡で、珊瑚は退治屋仲間と父の遺骨を発見。
その近くに、記憶を失った琥珀がいた。城から逃げた事しか思い出せない琥珀を奈落の妖怪から救った珊瑚は弟との再会を喜ぶが、犬夜叉は罠だと疑う。自分に関わると戦いに巻き込まれる、とその場から去ってしまう琥珀。だが、そこへ追撃の神楽が現れる。

奈落に操られ、かごめの命を狙う琥珀。犬夜叉達は、かごめから引き離されてしまう。しかし琥珀は、かごめの命を奪わなかった。そこへ駆けつけた珊瑚は、奈落の支配から取り戻すため、琥珀を殺して自分も一緒に死のうとする。間一髪、止める犬夜叉。琥珀は神楽にさらわれ、再び奈落の手に落ちてしまうが、犬夜叉は、「人の心が残っている琥珀を生きたまま取り返す」と珊瑚を勇気づける。

琥珀を使った奈落の罠を犬夜叉達が乗り越えた頃、犬夜叉の変化の秘密を探る殺生丸は、鉄砕牙と天生牙の鞘を削りだした朴の木の妖怪・朴仙翁を訪ねていた。
一方、旅を再開した犬夜叉一行は、老人と少年と知り合うが、その村が野盗に襲われた。犬夜叉と弥勒は、野盗の頭と対決。正体を妖怪と見破る。

命の危機に陥った犬夜叉はついに妖怪に変化してしまう。巨大な蛾となった蛾天丸も一瞬で粉砕、逃げ惑う野盗もその爪にかけ、止めるかごめの声も聞こえない。
そこへ、殺生丸が現れた。朴仙翁が語った「妖怪の血に心を喰われる」状態の犬夜叉を見た殺生丸は、闘鬼神でその動きを完全に封じ、鉄砕牙で変化を解くように告げて、その場を立ち去った。

犬夜叉は、ひとり刀々斎の仕事場を訪れた。刀々斎は、竜骨精を斬れと助言する。犬夜叉の父と戦い致命傷を負わせたが、封印された竜骨精。斬れば父を越えられ、鉄砕牙が軽くなるはず。
しかし、そこへ現れた奈落が封印の爪を溶かしてしまった。挑みかかる犬夜叉だが、次第に劣勢に追い込まれる。

竜骨精に鉄砕牙を飛ばされ、妖怪に変化した犬夜叉。刀々斎は引き上げを命じるが、かごめは残ると決意。だが、犬夜叉も己の中の妖怪の血と戦っていた。
ついに鉄砕牙を掴む犬夜叉。その体から妖気が消えた。鉄砕牙はいつでも風の傷を出せる刀に。だが、竜骨精が最大級の雷撃弾を放つ。対して犬夜叉は、必殺技『爆流破』を意図せずに会得していた。粉砕される竜骨精。刀々斎は犬夜叉に一目置く。

ある村で、七宝はサツキという少女と知り合う。戦に行った兄の帰還を信じるサツキの前に本当に兄が帰って来る。喜ぶサツキだが、実は妖怪が化けたニセモノ。「本物のかけらを寄こせ」と七宝に迫る。
狐妖術でサツキを逃がし奮戦するもかなわぬ七宝。そこへ来た犬夜叉が妖怪を退治する。妖怪の事件で兄の死を受け入れたサツキは、名主の家で暮らす決意をする。

絶世の美女妖怪に誑かされ、村に帰らない亭主達。女房らの願いで、一人退治に乗り出す弥勒に、心配した珊瑚も同行する。が、妖気の霧で引き離された珊瑚は、爺になった亭主達を発見。妖怪が若さを吸い取ると知り、急いで館に向かう。
館で妖しい姫に魅入られる寸前の弥勒。法力で妖怪から姫を引き離した弥勒は、珊瑚に妖怪を退治させ、残った姫の悲しい魂を成仏させる。

かごめが現代に帰る途中、人の顔に似た果物・人面果を見つけた。人を養分にする人面果が巨木になっていると知った一行は調べに向かうが、その日は、犬夜叉の妖力が消えて人の姿になる朔の日。そこに邪悪な仙人・桃果人が立ち塞がった。
犬夜叉を心配して追うかごめ達は、飛び込んだ部屋で箱庭を発見。見つめたかごめ達は小さくされて吸い込まれ、箱庭世界から出られなくなる。

桃果人は箱庭にいたかごめをさらうが、箱庭から脱出した弥勒たちの働きで、犬夜叉がかごめを助け出す。
逃げる途中、老仙人の顔を付けた花を発見。人面果に操られた弟子が桃果人となり師匠を花に変えたという。老仙人は最後の力で弓に変化。その弓で射たかごめの矢が、桃果人の四魂のかけらを体外に弾き飛ばす。

妖怪退治屋の里に帰った珊瑚は、父達の納骨も終え旅立つ所を襲われた。襲った姉妹、セリナとスズナは珊瑚に弟子入り志願。
実は二人は忍びの村出身。妖怪に殺された父の願い通り強い忍びになるため、妖怪退治屋の武器を盗みにきたのだ。だが、武器が発する妖気で妖怪の大群が襲来。そこへ心配した弥勒と犬夜叉が到着、妖怪達を退治。珊瑚は、去る姉妹に「二人で強く生きて」と願うのだった。

奈落が呼んだ巫女・椿は、50年前、四魂の玉を狙って桔梗に敗れ、若さを保つため妖怪に魂を売った黒巫女。
奈落の企みに応じた椿は、式神を使って奪ったかごめの血で呪いをかけ、かごめの体内に汚れた四魂のかけらを入れてしまう。呪いの力でかごめを操る椿は、「犬夜叉を殺せ」と命じた。

黒巫女・椿の呪詛に必死に抵抗するかごめ。同じ頃、椿の前に桔梗が現れ、動揺した椿は呪いを途切れさせる。
自由を取り戻したかごめは、犬夜叉と共に四魂の気配を追う。桔梗は椿に「犬夜叉に手出ししたら私が貴様を殺す」と恫喝して姿を消すが、桔梗に逆らう椿は呪いを再開、「鉄砕牙を使えばかごめを殺す」と呪詛を続け、犬夜叉に狐の式神を放った。

椿の呪詛で意識を奪われたかごめは幻の世界で次第に戦国時代のことを忘れていく。だが、幻の中に現れた桔梗似の弓道部顧問の言葉で、かごめは意識を取り戻した。かごめの矢で援護された犬夜叉は、ついに三尾の狐を倒す。
だが、椿の式神の蛇はまだ生きていた。弓で弾き返すかごめ。５０年前の桔梗と同じ方法で呪詛を破られた椿は四魂のかけらを持ったまま逃走し、復讐を誓う。

椿は、かつて修行した陰陽師の館を訪れた。禁断の扉を開こうというのだ。
椿に騙された若き巫女、紅葉と牡丹は犬夜叉達の前に立ちはだかる。二人は巨大式神を繰り出し、呪術で犬夜叉や七宝の動きを封じて戦う。だが、珊瑚の飛来骨が術を解き、犬夜叉は『風の傷』で巨大式神を退治。
弥勒、七宝、雲母が二人の介抱に残り、かごめ、犬夜叉、珊瑚、楓は椿を追う。

かつて桔梗と並び称された椿は、嫉妬から黒巫女になった。そうとは知らぬ紅葉と牡丹は、弥勒達と多宝塔へ向かう。
一足早く塔に着く犬夜叉達。その前に神楽と椿の式神が現れた。椿の式神を退治した犬夜叉達だが、椿は既に禁断の封印を解き、鬼を呼び出していた。四魂の力で犬夜叉をも取り込もうとする椿。だが、犬夜叉の爆流破が鬼を粉砕。妖力を失った椿は塵と化して果てた。

ある夜、何者かが珊瑚に憑依して弥勒を襲った。そして今度は、弥勒が操られて珊瑚に襲いかかった。弥勒から飛び出した小さな影は犬夜叉に取り憑き、七宝を追いつめる。だが、本当の標的は冥加。許嫁の生姜ばばあが、冥加を連れ戻そうと一連の事件を起こしたのだ。
生姜の一途な思いを知ったかごめ達は、２人の結婚式を取りはからう。が、冥加は替え玉を仕立て遁走してしまう。

奈落の結界に緩みが生じた。しかし、その日は朔の日。夜になると犬夜叉は妖力を失い、奈落探索を断念。一方、ついに奈落の城を突き止めた鋼牙だが、迎え撃った神楽に両足の四魂のかけらを奪い取られてしまう。
一方、城から奈落の気配が消え、裏切りを決意した神楽は、奈落から自由になるために殺生丸を利用しようとする。

殺生丸に共闘を申し出、断られる神楽。その神楽に、犬夜叉は人の姿を見られた。朝が来て妖力を取り戻す犬夜叉だが、朔の日の秘密を知った神楽を取り逃がす。
一方、城に戻った神楽は奈落に捕まり、二度と裏切るなと脅された。奈落も半妖だと知った神楽は、犬夜叉の秘密を知らせず、切り札にと考える。

七宝に届いた決闘の果たし状。送り主の雷獣蒼天は、じつはまだ子供。ひとり雷獣の館へ連れ去られた七宝は蒼天と対面、子供と知って呆れる。
蒼天は七宝と妖術合戦をするが勝負がつかない。そこへ犬夜叉とかごめがきた。蒼天が女の子と判明、戦意喪失の七宝は蒼天が欲しがるクレヨンを譲ってやる。

奈落が捨てた肉塊から生まれた新たな分身は顔のない男に変化し、旅の僧・無双の顔を奪った。分身は、無双と名乗り、殺戮と略奪をくり返して楓の村に近づく。
人を殺した無双に鉄砕牙で挑む犬夜叉。片腕を失う無双だが、奈落の毒虫・最猛勝が集まりその体を再生する。そこへタイミング悪くかごめが現代から帰還。無双は、再生した触手でかごめを捕らえてしまう。

無双は犬夜叉に粉砕されたが、犬夜叉達が去った後、無双は再生して復活していた。
安全のため現代に戻ることになったかごめだが、楓から鬼蜘蛛が匿われた洞窟の話を聞き、洞窟に向かってしまう。桔梗に執着する無双は桔梗似のかごめを捕らえようとする。
一方、鬼蜘蛛の心を捨て、桔梗を始末しようとする奈落だが、無双を切り離したことで異変が生じ、立ち去る。

斬られても再生する無双。弥勒は蜘蛛の模様部分に心臓があると犬夜叉に知らせるが、神楽に邪魔され無双の破片を最猛勝に持ち去られてしまう。
再生した無双の前に現れた奈落は、無双を取り込もうとし、無双を追ってきた犬夜叉と三つ巴の戦いになる。犬夜叉は奈落を倒そうとするが、奈落の結界に阻まれて取り逃がす。

奈落の結界を破る技を求め、刀々斎を訊ねた犬夜叉は山猫妖怪の子・ブンザと知り合う。
頭領である父・シマジのため、結界破りの技を会得したかったブンザだが、シマジがひとりでナナフシに戦いを挑んだと聞き、急いで山に戻ってしまった。
後を追った犬夜叉は、ナナフシ妖怪と対決して退治。ブンザと再会を約束し、工房へ戻る。

刀々斎の伝言を冥加が伝えにきた。強い結界を張る妖怪『百鬼蝙蝠』を斬れば、鉄砕牙が強くなるという。
海辺にある百鬼蝙蝠の巣を探す犬夜叉達は、途中で村人に迫害されている紫津を助ける。
村人を襲わないという約束のため、紫織は祖父の大獄丸に預けられた。だが、約束を破った百鬼蝙蝠が村を襲う。

紫津は亡き夫・月夜丸の遺志を継ぎ村を助けてと頼むが、逆らう月夜丸を殺したのは大獄丸だった。それを聞いた紫織は大獄丸を結界外に追い出す。
紫織は代々の守り役の力を秘めた血玉珊瑚という玉を斬って欲しいと犬夜叉に頼むが、玉から怨霊が現れ、紫織母子を襲う。犬夜叉は怨霊を斬って退治し、割れた玉の力を吸って赤くなった鉄砕牙は結界破りの力を得る。

かごめが持つ四魂のかけらと、犬の大将の息子の殺生丸と犬夜叉への復讐のため豹猫族が攻めてきた。奇怪な術を使う豹猫四天王はかごめをさらってしまう。
鋼牙は、かごめがさらわれたと知り救出に動く。一方、殺生の前には、四天王の冬嵐が現れ、５０年前の戦の決着をつけようと城へ誘う。その豹猫族の城は、結界の中に隠されていた。

犬夜叉は、鉄砕牙で豹猫達の結界を斬って破る。一方、弥勒と珊瑚は四天王の術にかかり、かごめが囚われた牢に放り込まれていた。
大昔、犬夜叉達の父と豹猫族の総大将の決戦があった。当時、犬夜叉は封印されており、殺生丸が対決して追い返していた。今回、豹猫達は総大将を復活させるために四魂のかけらを狙い、犬夜叉たちも生贄に捧げようと目論んでいた。

豹猫族の総大将のミイラが四魂の力で動き出した。犬夜叉と殺生丸がミイラを攻撃している間に、鋼牙達が人々を安全な場所へ誘導する。
ミイラは冬嵐の妹弟３人の命を奪い、完全に復活、犬族への恨みを晴らそとする。天生牙の導きで総大将を斬った殺生丸だが、あとは鉄砕牙の仕事と告げて去る。天生牙の力が総大将が奪った命を解放していたのだ。

珊瑚に一目惚れした若殿・蔵乃介に妖怪退治を頼まれた珊瑚。蔵乃介の求婚に、どう断ろうかと困惑の珊瑚。一方、弥勒は、奈落と戦う旅を続けるより蔵乃介と夫婦になる方が幸せ、と考えていた。
弥勒にふられたと思った珊瑚は怒り爆発、妖怪を退治するが、妖怪は怨霊。絶体絶命に。その危機を法力で救う弥勒。蔵乃介は、珊瑚の仇討ちの決意を汲み、快く旅立ちを見送る。