犬夜叉を仇と信じて戦う珊瑚。四魂のかけらの力で死ぬまで闘わせようとする奈落の謀略だ。だが、かごめの話を聞き、珊瑚は疑いを解く。
そして、奈落を追い詰める犬夜叉たち。だが、その奈落は傀儡だった。悔しがる一同。
傀儡が倒されたことを知っても動じない奈落は、人見城の若殿の身分も手に入れ、さらに野望を巡らせる。

『四魂の玉』誕生秘話。強い霊力を持っていた古の巫女・翠子は、融合した妖怪達との死闘の末、妖怪の魂を自分の魂に取り込んで打ち出して亡くなったという。その魂の塊が四魂の玉。年月の末、穢れて里に戻り、里から桔梗に預けられて浄化されていたが、玉が持つ因縁は桔梗を死に至らしめていた。その因縁を断ち切ると意気込む犬夜叉。その夜、冥加の好奇心でミイラ妖怪が復活。退治する犬夜叉だが、冥加はその姿に翠子を見た。

名主の子、太郎丸と知り合った犬夜叉達は、子供を生贄にする水神の社に乗り込むが、神器を持つ水神の神通力に翻弄されてしまう。 だが、弥勒が本物の水神（女神様）を見つけ出した。
ニセ水神は蛇の化身。神器を取り戻す太郎丸の活躍や、本物の女神様の助けもあり、犬夜叉達は、無事、ニセ水神を退治する。

妖怪に風穴を傷つけられた弥勒は、手当を頼むため育ての親、夢心を訪ねる。
だが、夢心は蠱壺虫に操られて弥勒を襲った。麻酔で麻痺した弥勒を、妖怪達が取り囲む。結界で防ぐが、次第に弱っていく弥勒。
そこへ駆けつけた犬夜叉は、初めて鉄砕牙の真の力を引き出し、百匹の妖怪を粉砕する。しかし、風穴は戦いの中で更に広がり弥勒の寿命を縮めていた。蠱壺虫から解放された夢心は、一刻も早く奈落を倒せと犬夜叉に告げる。

死んだはずの珊瑚の弟・琥珀が生きていた。奈落は、琥珀の背に仕込んだ四魂のかけらが琥珀の命を繋いでいると明かし、琥珀の命を盾に、鉄砕牙を奪ってこいと珊瑚を脅す。
犬夜叉達に真実を話せない珊瑚は、その夜、眠る犬夜叉の抱えた鉄砕牙を見つめる。

戦国時代。巫女桔梗に封印された半妖の少年犬夜叉は、現代からタイムスリップしてきたかごめの手で甦った！　妖怪を強くする『四魂の玉』が体の中から出てきて驚くかごめ。犬夜叉は四魂の玉を飲み込んだ百足上�揩�一撃で粉砕する。

かごめは楓の死んだ姉、桔梗の生まれ変わりらしい。四魂の玉を狙う屍舞烏はかごめをさらうが、犬夜叉が助けに現れた。かごめが屍舞烏を退治した時、四魂の玉が粉々に砕け散ってしまった。

四魂の玉を見極める目を持つかごめ。妖怪を倒す力を持つ犬夜叉。ふたりで四散した四魂の玉の欠片を集める羽目に。だが、仲違い。かごめは『骨喰いの井戸』から現代へ戻る。四魂の玉を狙う結羅は村人を操って犬夜叉を襲撃。逃れた犬夜叉は、かごめを追う。

現代に戻り実家でくつろぐかごめ。追って来た犬夜叉の体に結羅の髪が。かごめは犬夜叉と共に戦国時代に戻り、逆髪の結羅を退治する。

かごめ、犬夜叉が人間の母と化け犬の父の間に生まれた半妖だと知る。犬夜叉の腹違いの兄・殺生丸登場。父墓のありかを探るため、犬夜叉の死んだ母を連れてくる。が、母の正体は妖怪・無女。犬夜叉は取り込まれかける。

犬夜叉は無女に父墓のありかを暴かれる。犬夜叉の右目（黒真珠）を抜き、墓の入口を開く殺生丸。かごめは殺生丸の非道さに腹を立て、犬夜叉と共に殺生丸を追う。墓の中には父の形見『妖刀・鉄砕牙』が。しかし抜けたのはかごめ。

かごめが鉄砕牙を抜いた。殺そうとする殺生丸。怒った犬夜叉はかごめを守って闘う。守る心は、鉄砕牙を真の姿『牙の剣』に変化させ、妖犬の本性を現した殺生丸は犬夜叉に腕を斬られ撤退した。

甲斐の国の若侍・信長は、ドジだが一途な青年。幼なじみの姫君が嫁いだ先の悪い噂を聞きつけ、姫を連れ戻しに来た。取り憑いた蝦蟇妖怪から城主を救おうとがんばる信長。かごめの機転で城主から追い出された蝦蟇妖怪を犬夜叉が一刀で退治する。

七宝は、雷獣兄弟・飛天満天に父を殺された子狐の妖怪。仇討ちのため、四魂のかけらをかごめから盗んでしまうが、かけらにおびき出された満天は、毛生え薬にしようとかごめをさらってしまう。

かごめ救出に向かった犬夜叉は、弟の満天を倒す。満天が持っていた四魂のかけらを喰い、体内に取り入れた飛天は、雷撃刃と雷撃波で犬夜叉を攻撃。鉄砕牙の鞘で防ぐ犬夜叉は窮地に。が、鞘が折れると見えたその時、鞘が刀を呼ぶ。鉄砕牙を押し込んだ犬夜叉は飛天に勝つ。

かごめがテストで現代に帰省中、日暮神社で預かっていた能面「肉づきの面」が、四魂のかけらを求めて暴れ出した。かごめの弟、草太、懸命になって犬夜叉を呼ぶ。戦国時代から現代に来る犬夜叉、一刀で能面を倒す。

かごめ、子供の霊を慰める妖怪タタリモッケを目撃。悪霊になりかけた少女・真由の魂の成仏を助ける。真由と母の和解。

半妖・犬夜叉の秘密は、月に一度人間に戻ること。その日、なずなと知り合い山寺に泊まった犬夜叉たちは、蜘蛛頭の罠にはまり四魂のかけらを奪われる。毒を注がれ生死の境の彷徨う犬夜叉、かごめと心を通わせる。翌朝、犬夜叉の妖力が戻り、蜘蛛頭は退治された。

５０年前、犬夜叉を封印した巫女・桔梗の墓を暴いた鬼女裏陶は、霊骨と墓土で、桔梗の肉体を再生した。だが、魂は既に他の肉体に転生していた。かごめを見つけた裏陶は、桔梗の魂を取り戻すため、かごめをさらう。

かごめの魂が流れ込み、復活した桔梗は、犬夜叉を殺そうとするが、それに反応したかごめに魂を奪い返される。桔梗は、怨念を抱えたまま谷底に落ちていった。
５０年前、四魂の玉で人間になれと犬夜叉に勧めた桔梗だが、約束の日の当日、犬夜叉の姿をした何者かに致命傷を受け、誤解したまま、犬夜叉を封印したという。ふたりを闘わせた者の謎を自覚する犬夜叉。

女好きの不良法師、弥勒の初登場。
四魂のかけらを集めていた弥勒は、かごめのかけらを盗み取る。追跡する犬夜叉。かけらを返せと弥勒と対決。弥勒、法力・風穴で対抗する。犬夜叉、危うしと思われたとき、かごめ、機転で弥勒の風穴を閉じさせることに成功する。
弥勒の仇、妖怪・奈落の話を聞く犬夜叉達。実は桔梗の仇もその奈落だったと判る。

絵師・紅達は四魂のかけらの入った墨で描いた鬼軍団を操って立身出世を夢見た。紅達が懸想する姫に関わった弥勒と犬夜叉たちは、紅達の家に向かうが、絵から出現した鬼を吸い込んだ弥勒は、凄まじい邪気でやられてしまう。往生際の悪い紅達を殺さず、墨を倒そうとする犬夜叉 だが、紅達は邪念に狂い墨に喰われて果てる。

殺生丸の前に奈落が現れた。四魂のかけらを仕込んだ人間の腕を貸す奈落。その腕をつけた殺生丸は、犬夜叉たちの前に現れて鉄砕牙を奪い取る。鉄砕牙の真の力で、百匹の妖怪をひと振りでなぎ倒す殺生丸。弥勒の風穴も毒虫で封じられ、ピンチの犬夜叉。そこに破魔矢を射るかごめ。その矢は鉄砕牙の変化を解いた。

殺生丸の鉄砕牙に、鞘で対抗する犬夜叉。相打ちで懐に飛び込んで腕をもぎ取り、殺生丸から鉄砕牙を奪い返す。鉄砕牙が使えぬと見るやあっさり退散する殺生丸。だが、奈落の策略だと知った犬夜叉は、かごめの死を恐れて、かごめが持っていた四魂のかけらを取り上げ、現代に帰してしまう。

四魂のかけらを取られ現代に戻ったかごめは、戦国時代に行けなくなる。怒ったかごめは、北条君とのデートをＯＫ。その頃、奈落の謎を探る犬夜叉達。奈落と桔梗の関わりは、５０年前に死んだ野盗・鬼蜘蛛が鍵らしいが、手がかりはそこで途切れてしまう。一方そんな犬夜叉達を、奈落に操られた狼野干が襲撃してきた。

北条君とのデートも途中で神社に戻るかごめ、戦国時代に帰還。強くなる犬夜叉、狼野干を倒す。 一同を監視していた奈落が姿を現す。 奈落の正体は、やはり鬼蜘蛛、５０年前に桔梗と犬夜叉を罠にかけたと明かす。 生きていた桔梗、成仏させようとした僧侶を殺害。 弟子から聞いた犬夜叉、桔梗の元へ走る。 追うかごめ、結界の中で、桔梗と再会。

かごめを金縛りにした桔梗の前に、犬夜叉が現れた。
娘の死魂を集め、怨念を吐き出す桔梗に、犬夜叉は一日も忘れたことがなかったと打ち明ける。犬夜叉に口づけた桔梗は、そのまま犬夜叉を地獄に引きずり込もうとする。だが、かごめの声が届いて、犬夜叉を正気に返した。
その場を去った桔梗は楓を訪ね、奈落と鬼蜘蛛の因縁を知るが、怨念を消すことはなかった。

妖怪退治屋の珊瑚は、父のお頭、弟の琥珀達と人見城に招かれた。だが、それは罠。琥珀が敵に操られ、父や仲間、珊瑚を殺害してしまう。
一方、手練れの居ない退治屋の里は、妖怪の大襲撃を受け全滅。集められていた四魂のかけらは奈落が持ち去った。奇跡的に息を吹き返した珊瑚は、奈落によって里を襲った仇が犬夜叉だと聞かされ、深手を押して敵討ちに向かう。